این بخش از آزمایشگاه دارای اهمیت بالایی است که از قسمت میکروب شناسی، انگل شناسی و قارچ شناسی تشکیل شده است .

در این بخش نمونه های خون ، ادرار ، مایعات مختلف بدن و … مورد بررسی میکروسکوپی و کشت واقع شده و تست های دقیق آنتی بیوگرام صورت می گیرد و نتایج آنتی بیوگرام توسط سیستم آنتی بیوگراف محاسبه و گزارش می شود.

بخشی از تجهیزات به شرح زیر است :

1 – سیستم های مختلف انکوباتور برای کشت های هوازی و بی هوازی باکتریها

2 – سیستم اتوماتیک آنتی بیوگراف

3 – هودهای مختلف ساده و لامینار

4 – میکروسکوپ SEISS مدل استاندارد 20

5 – میکروسکوپ LABOMED مدل دوربین دار ساخت آمریکا